Kongelundsfortet var oprindeligt benævnt Kongelunds Batteri. Det blev opført som kystbatteri i tiden 1914-1916.
Batteriets opgave var at beskytte de minefelter, der i en krigssituation skulle udlægges i Køge Bugt, for at forhindre fjendtlige flådestyrker i at operere i dette farvand.
Batteriet var bestykket med 4 stk. 29 cm haubitser M/1891 samt 4 stk. 75 mm og 2 stk.47 mm kanoner. Haubitsbatteriet kom fra Lynetten i 1915. Flytningen af disse 2 store kanoner med en vægt på hver 11 tons foregik på blokvogne, trukket af 2 damptromler. Skaderne på vejene var ret betydelige.
Haubitserne var opstillet på 2 dobbeltbriske af beton bag et 4 m højt brystværn.
I 1938 blev fortet ombygget og fik en ny hovedarmering, der bestod af 4 15 cm. kanoner. De stammede fra kystforsvars–skibet Herluf Trolle, der udgik af flådens tal i 1932.
Omkring årsskiftet 1944-45 sendte tyskerne 8 kanoner af typen Skoda 15 cm SK C/28 i affutage Küst MPL C/36 til Danmark. Alle var uden skjold, da der ikke kunne fremskaffes stål til fabrikationen. Kanonerne havde fabrikationsnumrene 1457-1464. De fire laveste numre kom til Hesbjerg ved Gilleleje. Hesbjerg kanonerne blev senere opsat som hovedskyts på Kongelundsfortet, der kort efter blev nedlagt, hvorefter kanonerne blev sat på magasin.
I 1959 blev Kongelundsfortet ombygget til radarstation for NIKE raketbatterierne i Kongelunden. Ved denne ombygning blev der ikke taget hensyn til de gamle bygninger.
I 1982 blev fortet endeligt nedlagt.