Afviklingen af Tunestillingen begyndte straks i 1918.
Mange af stillingens forskellige elementer blev sløjfet eller lagt på depot. Men den hurtige afvikling af sikringsstyrken betød, at der ikke var mandskab til oprydning. Derfor blev meget brugbart materiel overdraget til lodsejerne, der så til gengæld ikke fik erstatning.
Dermed ophørte Tunestillingen reelt med at eksistere som forsvarsanlæg allerede i 1919.
Tunestillingen blev gemt – men ingenlunde glemt
Tunestillingen optrådte i de tyske angrebsplaner fra 1940, hvor man forudsatte at det danske forsvar ville falde tilbage fra Sjælland til Tunestillingen og derfra videre tilbage til Vestvolden.
Begge anlæg omtales i de tyske planer som ældre anlæg, men de regnedes stadig som en forsvarsmæssige faktorer i 1939.
Tunestillingen og besættelsen
Under krigen udarbejdedes der planer i Sverige for indsats af Den Danske Brigade i tilfælde af at de tyske tropper, som proklameret af den tyske kommandant, ikke ville overgive sig. I disse planer indgik en landsætning i Køge Bugt, nøjagtig som de danske forsvarsplaner havde forudsat i næsten 100 år. Tunestillingen indgik nu i de svensk/danske planer, idet man måtte forudsætte at tyskerne ville bruge både Tunestillingen og Vestvolden som forsvars- og hindrelinier.
Efter afviklingen af Tunestillingen havde stillingen ikke haft nogen militær betydning. Modsat dele af Vestvolden der derimod spillet en militær rolle som depot- og mobiliseringsområde til langt op i 1990´erne.